肛肠科成立于1999年，共有医护人员28名，其中主任医师2名，副主任医师1名，主治医师2名，硕士研究生5名。主管护师3名，护师6名，多名医护人员先后在重庆中医研究院，成都中医药大学，华西医科大学，上海中医药大学等知名医院进修肛肠专业。
科室设有病床30床，开设痔疮、肛瘘、便秘及肠道疾病等专科门诊。设有换药室、抢救室、治疗室、结肠灌注透析治疗室等。拥有肛肠电脑痔疮治疗仪2台，肛肠压力检测仪、结肠灌注透析治疗机、红外线频谱治疗仪等先进仪器设备。开展痔疮、肛瘘、肛周脓肿、肛裂、肛门湿疮、肛乳头肥大、肛管息肉、直肠脱垂、尖锐湿疣以及各种便秘、急慢性结肠炎、直肠癌等肛肠疾病的诊断及治疗。特别对复杂性肛瘘、Ⅲ、Ⅳ期环状混合痔、慢性结肠炎，高龄患者痔病的治疗和直肠癌的早期诊断有优势。引进PPH、RPH、TST等国际先进技术，可有效减少手术切口，缩短愈合时间，减轻术后疼痛。